等位基因是指能控制同一性状的不同形态，位于一对同源染色体相同位置上的基因。性状是指生物的生理特征、结构和形态。不同性状会有不同的形态表现，例如双眼皮和单眼皮，则成为相对性状，性状是由基因控制的，显性基因和隐性基因成对存在，两个基因则是一对等位基因。等位基因相对于非等位基因。
一、等位基因的分类
1、等位基因会分为亚效基因，在性质上相同于野生型，但在程度上比突变型的野生型基因要差一些，此表现是在表型效应中展现。
2、等位基因包括新效基因，指的是没有新性状的突变型基因，在产生野生型等位基因之后。
3、等位基因分为无效基因，指的是完全失去活性的突变型基因，以及不能产生野生型的基因，但在一般情况下，能通过回复突变，来成为野生型基因。
二、等位基因的作用
1、等位基因中的两个位点能决定某个基因的基因型，因为某个基因的基因型是由一对等位基因所决定的。
2、等位基因可以决定生物的表现型，因为等位基因的两个位点都来自于父亲和母亲的遗传。
3、会产生癌基因，假如等位基因的一个位点发生突变，假如两个位点出现丢失或是突变，会导致肿瘤。
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