非淋球菌性尿道炎主要是支原体、衣原体感染所引起的。临床症状不是特别的明显，大概有一半的患者，甚至更多的患者，临床上症状并不是特别明显，也没有任何感觉，所以这个疾病相对是比较隐蔽的，甚至很容易转成慢性的，且在体内长期存在支原体和衣原体，会引起射精管的梗阻、前列腺炎、附睾炎等等，影响到患者的生殖能力，引起无精症和梗阻性无精症等等。
对于一些患者可以引起前列腺炎症状，比如的尿频尿急、盆底的疼痛；有些人是引起附睾炎的症状，附睾的肿大疼痛甚至有积脓等等，需要进一步的手术来治疗，才可以达到目的。
对于女性患者，非淋球菌性的尿道炎可以引起盆腔的疼痛，输卵管的梗阻，妇科的一些疾病以及生育方面的一些问题。对于女性，然后非淋球菌性尿道炎，最主要是尿频尿急，还有尿道的隐隐的不适，因为很多女性老是和妇科病进行混淆，治疗并不及时，有的时候可能会转为慢性，所以危害会更大一点。
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